Di lingkungan STIEBS NU Garut, Ketua memiliki tugas strategis dan tanggung jawab utama dalam menyusun serta menetapkan kebijakan operasional akademik dan non-akademik. Ketua juga bertanggung jawab dalam penyusunan Rencana Induk Pengembangan (RIP) dan Rencana Strategis (Renstra), serta Rencana Kerja dan Anggaran Tahunan (RKAT) yang kemudian diusulkan kepada Badan Pelaksana Pengelola (BPP) STIEBS NU. Dalam pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi, Ketua bertugas mengelola kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat berdasarkan norma dan etika akademik yang berlaku. Ketua juga memiliki wewenang dalam pembentukan, perubahan, dan penghapusan lembaga, pusat kajian, serta program studi dan program keahlian khusus atau terapan, setelah mendapatkan persetujuan dari Senat Akademik.
Selain itu, Ketua memiliki kewenangan untuk mengangkat dan/atau memberhentikan pimpinan unit di bawahnya, menjatuhkan sanksi kepada sivitas akademika dan tenaga kependidikan yang melanggar norma atau peraturan akademik berdasarkan pertimbangan Senat Akademik, serta menjatuhkan sanksi atas pelanggaran terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan. Ketua juga bertugas membina dan mengembangkan karier dosen dan tenaga kependidikan, mengelola anggaran sesuai ketentuan hukum, serta menyelenggarakan sistem manajemen perguruan tinggi secara menyeluruh. Dalam hal akademik, Ketua mengusulkan kenaikan jabatan fungsional dosen ke jenjang lektor kepala dan profesor kepada Menteri, setelah memperoleh persetujuan Senat Akademik. Selain itu, Ketua juga menjalin hubungan baik dengan alumni, pemerintah pusat dan daerah, serta berbagai pemangku kepentingan lainnya. Bersama dengan BPP dan Senat Akademik, Ketua turut menyusun serta menyetujui rancangan statuta atau perubahan statuta institusi. Dalam keadaan berhalangan, pelaksanaan tugas Ketua dijalankan oleh Wakil Ketua sebagai pelaksana harian.
Wakil Ketua memiliki peran untuk membantu Ketua dalam menjalankan Tri Dharma Perguruan Tinggi dan bertanggung jawab langsung kepada Ketua dalam bidang akademik dan non-akademik. Jabatan Wakil Ketua terdiri dari dua bagian, yaitu Wakil Ketua I Bidang Akademik dan Wakil Ketua II Bidang Non-Akademik. Wakil Ketua I bertugas mendampingi Ketua dalam pelaksanaan layanan akademik, evaluasi pendidikan, kegiatan penelitian, pengabdian kepada masyarakat, serta pengelolaan registrasi dan statistik akademik mahasiswa. Sementara itu, Wakil Ketua II mendampingi Ketua dalam pelaksanaan urusan non-akademik, yang mencakup keuangan, administrasi umum, pembinaan organisasi, pengembangan lembaga, serta kerja sama dengan berbagai instansi. Ketentuan teknis lebih lanjut mengenai tugas dan wewenang Wakil Ketua diatur melalui Peraturan Ketua.
Senat Akademik STIEBS NU Garut berperan penting dalam menjaga dan mengawal kualitas akademik institusi. Tugas utamanya meliputi pemberian pertimbangan serta usulan kepada BPP dalam pemilihan calon Ketua, memberikan persetujuan atas RKAT, serta mengesahkan kelayakan akademik terkait pembukaan, penggabungan, atau penutupan program studi. Senat juga menetapkan kebijakan pengawasan akademik, memberikan masukan terhadap norma, kode etik, dan ketentuan akademik yang diusulkan oleh Ketua, termasuk penetapan kurikulum dan persyaratan akademik untuk pemberian gelar maupun penghargaan akademik. Selain itu, Senat memberikan usulan perbaikan proses pembelajaran, penelitian, dan pengabdian, serta pertimbangan dalam pencabutan gelar, pengusulan profesor, doktor kehormatan, dan sanksi terhadap pelanggaran etika akademik. Senat juga mengawasi penerapan norma, kode etik, dan sistem penjaminan mutu di lingkungan akademik.
Ketua Program Studi (Prodi) bertugas melaksanakan kebijakan pendidikan dan standar mutu yang telah ditetapkan oleh pimpinan STIEBS NU dan struktur Nahdlatul Ulama. Tugas utamanya meliputi penyusunan program kerja prodi secara berkala, koordinasi kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat, serta pengembangan prodi secara menyeluruh. Ketua Prodi juga bertanggung jawab memperluas jejaring dan kerja sama, baik di lingkungan internal maupun eksternal, melakukan monitoring perkuliahan, serta menyampaikan laporan berkala kepada pimpinan.
Bagian Tata Usaha memiliki peran dalam menyelenggarakan urusan administratif kampus. Kepala Bagian Tata Usaha bertugas mengoordinasikan pelaksanaan surat menyurat, rumah tangga, perlengkapan, kepegawaian, dan keuangan. Selain itu, bagian ini juga menangani administrasi akademik, termasuk pendidikan, pengajaran, dan pengabdian masyarakat, serta administrasi pembinaan kemahasiswaan dan hubungan alumni.
Dengan sistem kerja yang terstruktur ini, STIEBS NU Garut berkomitmen untuk menjalankan tata kelola pendidikan tinggi yang profesional, akuntabel, dan sesuai dengan nilai-nilai Ahlussunnah wal Jama’ah An-Nahdliyah.